An der Hochschule Flensburg fallen keine Studiengebühren für das grundständige Studium an, da sie eine öffentliche Hochschule ist. Es ist jedoch der Semesterbeitrag zu entrichten, der unter anderem das Semesterticket beinhaltet. Die genauen Kosten können variieren, liegen aber typischerweise bei etwa 200 bis 300 Euro pro Semester.