Das Studium an der Interkantonalen Hochschule für Heilpädagogik Zürich ist gebührenpflichtig, jedoch sind die Studiengebühren relativ moderat. Für das Bachelor- und Masterstudium betragen die Semestergebühren in der Regel mehrere hundert Schweizer Franken pro Semester. Zusätzliche Kosten können für Lehrmittel oder Materialien anfallen.