Der Masterstudiengang "Dirigieren" an der HfM Trossingen bietet verschiedene Schwerpunkte: Orchesterleitung, Blasorchesterleitung, Chordirigieren und Ensembleleitung für Gitarristen. Blasorchesterleitung kann auch als Zweitfach im Bachelor studiert werden.
Orgel ist ebenfalls Bestandteil verschiedener Studiengänge, darunter Kirchenmusik A und B sowie künstlerische und künstlerisch-pädagogische Ausrichtungen mit Bachelor-, Master- und Konzertexamensabschlüssen.
Die Hochschule legt Wert auf eine praxisnahe Ausbildung. Im Bereich Blasmusik besteht eine Kooperation mit dem Landespolizeiorchester Baden-Württemberg, die regelmäßigen Dirigierunterricht vor einem professionellen Orchester ermöglicht. Im Bereich Kirchenmusik sind die Studierenden aktiv in die Konzertkultur der Euregio-Bodensee-Region eingebunden und profitieren von einem Tutorensystem im Hauptfach Chorleitung.
Die Orgelausbildung bezieht historische Barockorgeln Oberschwabens und Stilkopien ein. Die Hochschule verfügt über sieben Orgelinstrumente, darunter eine Konzertsaalorgel mit 80 Registern und eine Kopie einer italienischen Barockorgel.
Der Studiengang profitiert von der Zusammenarbeit mit dem Institut für Aufführungspraxis und den "Donaueschinger Musiktagen", die den Studierenden ermöglichen, am Puls der Neuen Musik zu sein.
Absolventen des Studiengangs Kirchenmusik leisten einen wichtigen Beitrag zur Kirchenmusikkultur, sowohl innerhalb der Liturgie als auch im Rahmen der außerliturgischen Musikpflege.
Folgende Studiengänge werden angeboten: