Der Masterstudiengang Musikalische Aufführungskunst baut auf dem gleichnamigen Bachelorstudium auf und unterscheidet sich von anderen Konzertfach-Studiengängen dadurch, dass die zentralen künstlerischen Kompetenzen im Hauptfach direkt mit der am Haus stattfindenden Forschung verknüpft werden. Studierende führen ein eigenes Projekt durch und verfassen eine wissenschaftliche bzw. künstlerisch-wissenschaftliche Abschlussarbeit. Durch die Nähe zum Konzerthaus Klagenfurt haben die Studierenden die Möglichkeit, eigene Projekte am Übergang zwischen Ausbildung und Berufsleben zu verwirklichen.
Ziel des Studiengangs ist es, die Fähigkeit zu vermitteln, sich im Musikbetrieb zu behaupten und das eigene Profil zu stärken, um den eigenen professionellen Weg selbständig auszugestalten. Das Masterstudium befähigt aufgrund seines Profils auch zu einem Doktoratsstudium.
Die Zulassung zum Studium erfordert den Nachweis eines abgeschlossenen Bachelorstudiengangs Musikalische Aufführungskunst oder eines gleichwertigen Studiengangs, die Absolvierung einer Zulassungsprüfung im zentralen künstlerischen Fach und für Studierende, deren Muttersprache nicht Deutsch ist, den Nachweis der Deutschkenntnisse (Niveaustufe B2).