Der Master-Studiengang Mechatronik an der Fakultät Maschinenbau und Bauingenieurwesen bietet einen weiterführenden akademischen Grad für Studierende mit einem einschlägigen Bachelor-Abschluss. Das Studium dauert 5 Trimester und beginnt jeweils Anfang Januar. Die Studiensprache ist Deutsch.
Das Studium beginnt mit Pflichtfächern in Mathematik, Numerik, Mechanik, Strömungsmechanik, Maschinendynamik, Informatik und Regelungstechnik, die den interdisziplinären Charakter der Mechatronik widerspiegeln. Zusätzlich wird das spezifische Pflichtfach "Mechatronische Systeme" belegt. Im weiteren Verlauf des Studiums wählen die Studierenden Wahlfächer, um sich in einer von drei Spezialisierungsrichtungen zu vertiefen: Angewandte Mechanik, Automatisierungstechnik oder Wehrtechnik.
Die Schwerpunkte Angewandte Mechanik und Automatisierungstechnik bilden die klassischen Grundsteine der Mechatronik. Der Schwerpunkt Wehrtechnik hingegen betrachtet Mechatronik im Kontext moderner Waffensysteme, intelligenter Munition und autonomer Aufklärungssysteme. Dieser Schwerpunkt berücksichtigt die Interessen und Berufswünsche vieler Studierender.
Bewerbungsunterlagen sind bei den Karriereberatungsbüros der Bundeswehr erhältlich. Der Bewerbungsprozess beginnt mit einem ausführlichen Beratungsgespräch. Für Fragen zur Studienberatung stehen die Mitglieder des akademischen Bereichs der Fakultäten zur Verfügung. Ansprechpartner für Kooperationen mit Unternehmen, Stiftungen oder Behörden sowie für Soldaten, die im Rahmen des BFD ein Studium aufnehmen möchten, sind die Mitarbeiter des Hochschulmarketings.